本书对明代儒学的叙述，主要放置于当时文化政治环境下，根据各时期发展的特点采取不同方式进行叙述。明朝中前期的儒学发展，挑选主要代表人物进行讲解，并由此衍射至其他人。而关于阳明之后明代中后期儒学的叙述，则不限于阳明弟子，虽然阳明弟子是十分重要的方面。即使对阳明弟子的叙述，也不采用“阳明学”的研究方法，即分其弟子为现成派、归寂派、修正派等，而是采取分地域介绍阳明弟子的做法。这样做可以避免在分派上过多的理论枝蔓，而直接切入其学说及产生这些学说地域上的原因，更多的具有思想史和文化史的色彩。此外明代的民间讲会非常兴盛，对于明代儒学尤其是阳明学的发展有着很大的影响，目前学界这方面的研究成果非常丰富，为避繁冗，本书的论述以主要学者的思想宗旨及其发生的影响为主，其他则不过多涉及。

本书所用的方法，是在全面阅读原始资料的基础上，先确定被研究、被描述的思想家的问题域，然后找出与这个问题相关的全部概念范畴；依逻辑与历史统一的原则，以中心范畴为纲，构成一个概念范畴的框架；理出这个框架中的逻辑关系，然后将这个框架依照其逻辑顺序叙述出来；在这一程序中，重点对这个框架中主题概念的形成及与其他概念的关系加以说明。本书以揭示被研究者的思想本身为主要任务。本书有专章叙述佛教、道教哲学及天主教传入时与中国本土文化的碰撞。